支线任务的选择会直接影响剧情走向、角色关系及奖励获取。主线剧情虽然固定，但支线任务的完成方式和决策会解锁不同对话、隐藏剧情甚至特定结局。部分支线任务与关键NPC的互动会改变后续剧情的触发条件，例如某些任务需要特定好感度或道具才能继续推进。
支线任务的剧情分支通常分为三类：影响角色关系的选择、决定任务奖励的路线以及解锁隐藏剧情的条件。在毒灵剑谱支线中，归还剑谱或私藏剑谱会触发截然不同的后续剧情，前者可能获得NPC的长期协助，后者则可能开启与反派势力的对抗。类似的设计在绝情花奇遇恶童任务等支线中均有体现。
角色好感度系统与支线任务深度绑定。部分支线任务需要通过送礼、对话或完成特定行动提升NPC好感，才能解锁后续剧情。例如恒山派侠客任务需通过灵犀谱系统培养关系，达到一定好感度后才会开放专属剧情线。这种设计使支线选择对角色成长和剧情完整性产生长期影响。
部分支线任务会直接影响主线剧情的细节补充。例如红衣铡群英会任务中，是否选择与特定势力合作会影响主线中武林大会的对话选项；而神秘世界支线的探索进度则可能改变最终章节的剧情演绎。这些关联性设计要求玩家在支线选择时需兼顾当前收益与长远剧情发展。
从玩法角度看，支线任务的选择还涉及战力提升效率。某些支线会奖励绝学碎片或神器材料，如群英荟萃任务线提供武林盟主称号和专属技能，而奕尘劫奇遇则可能掉落稀有侠客碎片。优先完成关键支线可优化资源积累节奏，但需注意部分任务存在互斥设计，需根据职业需求权衡取舍。
玩家需结合角色定位、剧情偏好及资源规划做出决策，才能最大化支线任务的综合收益。
